Grâce à sa structure d’une grande souplesse et à sa nature polyvalente, le SH est utilisé à de nombreuses fins; néanmoins son utilisation principale reste liée à la perception des droits et taxes à l'importation. Cette application est source potentielle de litiges entre les autorités responsables de la perception des droits et les personnes supposées les acquitter.
Dans le Système harmonisé, la différentiation entre les marchandises doit être claire. Chaque marchandise ou catégorie de marchandises ne doit correspondre qu'à une position ou sous-position. En général, une fois le classement d'une marchandise établi en fonction de la Nomenclature, le taux de droits en découle automatiquement. Dès lors on peut dire "au début, était la classification".
A l'échelon national, la nomenclature sert la mise en œuvre de certaines politiques gouvernementales spécifiques et il est assez rare qu'une décision soit exclusivement motivée par une question de classement. Il en va tout autrement du classement à l'échelon international. Une fois une marchandise classée en fonction de la Nomenclature du SH, ce classement doit être appliqué uniformément partout dans le monde. Pour un même produit, le taux de droits peut varier d’un pays à l’autre. Les différends au sein du Comité du SH sont réglés dès lors sur base du classement uniquement.
Les personnes impliquées dans le classement (importateur, les agents des douanes, le Secrétariat de l'OMD, etc.) ne doivent pas pour autant ignorer les politiques tarifaires et autres politiques officielles en rapport avec le classement approprié. Les discussion sont orientées en fonction de ces politiques et reflètent les intérêts divers des différentes parties.
La Convention du SH a désigné le Comité du SH en tant qu'organe international responsable du règlement des différends. A ce jour, le Comité du SH a permis de résoudre de nombreux différends, contribuant ainsi à un classement uniforme garantissant la transparence du classement du SH. Certains de ces différends ont eu un rebondissement énorme sur les économies des administrations membres. Voici quelques exemples :
Le Comité du SH, faisant office de "tribunal international pour le règlement des différends en matière de classement du SH", a joué et continue à jouer un rôle très important dans la facilitation des échanges internationaux.