Les relations de travail entre l’OMD et l’AIEA dans le but de concevoir des tactiques et des stratégies pour lutter contre le trafic illicite de matières nucléaires et radioactives ainsi que de faciliter les échanges d’informations ont conduit ces deux organisations à conclure un Protocole d’accord (PDA) en mai 1998. Cet accord fournit un cadre pour la promotion de la coopération à l’échelon national entre les administrations des douanes nationales et les organismes chargés de la réglementation qui sont responsables du contrôle des matières nucléaires et radioactives.Un Protocole d'accord entre l'OMD et l'AIEA a été signé le 13 mai 1998.

Le Comité de contrôle douanier du Ministère des Finances de la République du Kazakhstan et l’administration des douanes de la République tchèque ont conclu chacun un Protocole d’accord avec l’OMD aux fins de la création de Centres régionaux de dressage de chiens de l’OMD. Les locaux modernes dans lesquels sont dressés et formés les chiens sont situés à Almaty, République du Kazakhstan et à Hermanice, République tchèque.

L’OMD entretient depuis longtemps des relations de travail avec le Secrétariat de la CITES (Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore menacées d’extinction) aux fins de la mise en œuvre de cette Convention qui repose sur le Protocole d’accord que les deux organisations ont conclu en 1996. Un Groupe de travail OMD/CITES a été créé en 1996, de la documentation et des supports de formation ont été mis au point et distribués conjointement aux administrations des douanes et des séminaires et des ateliers ont été organisés en commun aux fins de la formation des fonctionnaires des douanes. Les deux Secrétariats ont lancé en novembre 2006 un projet d’échange de données concernant les saisies d’ivoire effectuées dans le monde entier.

Depuis la signature d’un Accord de coopération en 2002, l’OMD et l’Europol ont établi et entretenu des relations de coopération étroites dans la lutte contre la criminalité internationale organisée, notamment la coopération entre l’OMD, l’Office européen de lutte antifraude (OLAF) et l’Europol pour lutter contre la fabrication illicite de cigarettes. Un Protocole d'accord entre l’OMD et Europol a été signé en septembre 2002.

Le Secrétariat de l’OMD entretient une coopération étroite avec le GAFI et les organismes régionaux apparentés au GAFI tels que le Groupe Asie et Pacifique sur le blanchiment d’argent (GAP) et le Groupe intergouvernemental d’action contre le blanchiment d’argent en Afrique en vue d’élaborer et de promouvoir les meilleures pratiques à appliquer par la douane pour lutter contre le blanchiment d’argent.

Le Secrétariat de l’OMD a établi une coopération avec les organismes compétents de la Commission européenne, notamment la Direction Générale Fiscalité et Union douanière (DG TAXUD), la Direction Générale Justice et Consommateurs (DG Justice) et OLAF, afin de renforcer les efforts déployés pour combattre tous les types de fraude auxquels la douane est confrontée.

Le Secrétariat de l’OMD et l’INTERPOL travaillent ensemble très étroitement sur une large gamme de questions, notamment celles ayant trait à la lutte contre la délinquence transfrontalière, telles que la contrebande de drogue, les atteintes aux DPI, le trafic illicite du patrimoine culturel, de cigarettes, d’armes légères, les délits environnementaux. Les deux Secrétariats ont conclu un Protocole d’accord en 2003.

Le Comité du Contre terrorisme du Conseil de sécurité des Nations unies est chargé de vérifier que les pays appliquent bien la Résolution du Conseil de sécurité n° 1373. Cette Résolution exige que tous les Membres des NU prennent des mesures pour renforcer la sécurité des frontières. L’OMD a participé depuis 2005 aux travaux de nombreuses équipes pluridisciplinaires lors de diverses visites depuis 2005. 

L’Observatoire européen des drogues et des toxicomanies (OEDT) créé en 1993 est une agence de l’UE qui fournit des renseignements à l’échelon européen en ce qui concerne les drogues, la toxicomanie et ses conséquences. En 2007, l’OEDT a conclu un Protocole d’accord avec l’OMD visant à intensifier les mesures internationales de lutte contre la drogue. Un Protocole d'accord entre l’OMD et l’OEDT a été signé le 12 janvier 2007.

Le partenariat entre l’Organisation mondiale des douanes (OMD) et l’Office des Nations Unies contre la drogue et le crime (ONUDC) est fondé sur un Protocole d’accord (PDA) conclu en novembre 1996. L’ONUDC et l’OMD ont œuvré avec succès ensemble dans le cadre d’un certain nombre d’activités internationales. Le projet le plus récent entrepris en commun est le projet appelé ‘’Programme mondial de contrôle des conteneurs ONUDC- OMD’’. Un Protocole d'accord entre l'OMD et l'ONUDC a été signé le 18 mars 2010.

L’Organe international de contrôle des stupéfiants (OICS) situé à Vienne, Autriche, contrôle la mise en œuvre des Conventions des Nations Unies relatives au contrôle des stupéfiants. Deux projets, à savoir le ‘’Projet cohésion’’ et le ‘’Projet PRISM’’ ont été lancés sous les auspices de l’OICS. Ces projets visent à aider les gouvernements à lutter contre le trafic illicite/le détournement des précurseurs chimiques et des drogues de synthèse. L’OMD est un membre permanent Groupes d’action de ces projets. Un Protocole d'accord entre l'OMD et l'OICS a été signé le 12 avril 2012.

Organisation des Nations Unies pour l'éducation, la science et la culture (UNESCO)

 En vue de lutter contre le trafic illicite de biens culturels, l’OMD et l’UNESCO ont conclu un Protocole d’accord afin de déterminer et de mettre en œuvre, chacune dans son propre domaine de compétences, les moyens d’améliorer la coopération. Ce Protocole d’accord prévoit l’échange de renseignements entre les autorités douanières et les autorités compétentes reconnues par l’UNESCO aux fins de la protection du patrimoine culturel et de l’amélioration de l’efficacité des enquêtes en matière de fraudes commises dans ce domaine et des profils de fraude établis par les services chargés des vérifications.

Organisation internationale des musées (ICOM)

Afin de lutter contre le trafic international de biens culturels, l’OMD et l’ICOM ont conclu un Protocole d’accord (PDA) qui permet aux deux organisations d’élaborer et de mettre en œuvre conjointement, chacune dans son propre domaine de compétences, des mesures visant à améliorer la coopération et l’échange d’informations. Il est prévu que les autorités douanières et les autorités membres de l’ICOM s’engagent dans ces activités en vue de rendre plus efficaces les analyses des cas de fraude commis dans ce domaine et les profils établis à cette occasion par les services douaniers. Le Protocole d'accord entre l'OMD et l'ICOM a été signé le 1 janvier 2000.

Organisation mondiale de la propriété intellectuelle (OMPI)

L’Organisation mondiale de la propriété intellectuelle est une institution spécialisée des Nations Unies située à Genève, Suisse, dont l’objet est de mettre au point un système international équilibré et accessible de protection de la propriété intellectuelle. L’OMD et l’OMPI coopèrent étroitement à la promotion dans le monde entier de l’utilisation appropriée et de la protection de la propriété intellectuelle.

Organisation mondiale de la Santé (OMS)

L’OMD et l’Organisation mondiale de la santé (OMS) collaborent sur tout un éventail de questions qui ont une incidence sur la santé et sur la sûreté de la société. Au premier rang des domaines les plus concernés par la coopération entre les deux organisations figurent les urgences de santé publique au niveau international, le commerce illicite du tabac (par le biais de la Convention–cadre de l’OMS sur le contrôle du tabac) et les médicaments faux/accompagnés de fausses étiquettes/contrefaits. Un Protocole d'accord entre l'OMD et l'OMS a été signé en 2002.

Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE)

L’OMD et le Programme des Nations Unies pour l’environnement (PNUE) ont conclu un Protocole d’accord (PDA) en 2003. Depuis 2001, l’OMD est un partenaire très actif dans le cadre des Initiative des Douanes vertes (IDV), série d’activités coordonnées par le PNUE entreprises en collaboration par des organisations partenaires Qui vise à sensibiliser les fonctionnaires des douanes aux Accords multilatéraux sur l’environnement (AME). Les deux organisations travaillent étroitement à lutter contre le commerce illégal de substances qui appauvrissent la couche d’ozone. Les Bureaux régionaux de liaison chargés du renseignement (BRLR) appuient également les initiatives de bureaux régionaux du PNUE. Un Protocole d'accord entre l'OMD et le PNUE a été signé le 2 Juin 2003.